パーマ剤やカラー剤はこの様な事を想定して作られていて、髪に浸透して
作用する様に作られています。
カラーやパーマに影響していたとすれば別の要素が考えられます。

シリコンが付いていてもシャンプーはできるでしょ
これは水分が髪に浸透する証です。

一般的にはこれらのシリコンはシャンプーで殆ど取れてしまい成分が残り
積み重なり厚くなる事はありません。

シリコンが付いているのでパーマが綺麗に掛からないとかカラーが思った様に
染まらない等と、お聞きになっていたとしたら「それは大変な間違いです」
だとすればシャンプーの時に水が髪にしみ込まずに湿らないという事になります。

シリコンが何故悪いのか不明。
図の様に傷んでだ髪はキューティクルが滑らかでなく摩擦を起こし易く
擦り切れる可能性が高く摩擦を軽くする目的に使用されたコーティング剤です。
シリコンにも色々な種類が有りますがヘアーケアー剤に使われる殆どが滑りを
良くする目的に使われています。
こうしたことからシリコンが悪者扱いをされているのはシリコンの本来から
考えると不可解です。